MT4のテンプレートをそのままMT5に移行したら、「検索結果」及び「タグ検索」で以下のスクリーンショットのようなエラーが出て、動作しなくなりました。つまり、mt-search.cgi系がダメになったってことですね。

「検索結果」テンプレートとにらめっこして原因究明をしていった結果、「タグクラウド」ウィジェットにあることが判明。このウィジェットで
<mt:If tag="Tags"> ... </mt:If>
という風に<mt:If>してるところでダメが出ていました。

<mt:If tag="Tags">
<div class="widget-tag-cloud widget">
<h3 class="widget-header">Tag Cloud</h3>
<div class="widget-content">
<ul>
<mt:Tags top="20"><li class="rank-<$mt:TagRank max="10"$>"><a href="<$mt:TagSearchLink encode_html="1"$>" rel="tag"><$mt:TagName$></a></li>
</mt:Tags>
</ul>
</div>
</div>
</mt:If>
どうやら「検索結果」テンプレートから<mt:If>でMTTagsタグの有る無しを判定しちゃいけないように仕様が変わったようなんですね。仕様というより、バグと言ってもいいと思います。
ちなみに<mt:IfNonEmpty tag="Tags">に変更してもダメでした。
これを知ってか知らずか、MT5のデフォルトテンプレートでは「タグクラウド」ウィジェットは以下のようなコードになっています。
<mt:Tags top="20">
<mt:If name="__first__">
<div class="widget-tag-cloud widget">
<h3 class="widget-header">タグクラウド</h3>
<div class="widget-content">
<ul>
</mt:If>
<li class="rank-<$mt:TagRank max="10"$>"><a href="javascript:void(0)" onclick="location.href='<$mt:TagSearchLink encode_js="1"$>';return false;" rel="tag"><$mt:TagName$></a></li>
<mt:If name="__last__">
</ul>
</div>
</div>
</mt:If>
</mt:Tags>
確かに<mt:If tag="Tags">とは書いてありません。なんでしょう、この納得のいかない感じは・・・。